​教会による世界統治がなされた世界。反乱分子「魔女」との抗争は激化していく一方だった。そんな中教会は生物兵器を生み出し、それを「完璧な存在」とすべく動き始めていた。

教会に住む主人公«99番»は、命を99個持つ特異な少女であった。

教会が崇拝する「聖女」に謁見する日、«99番»は魔女の一人に誘拐されてしまう。

初めて見る教会の外の世界や人々に触れ、«99番»は己の特異性に気づき、悩むこととなる。

​«99番»と他の人間。命の重さは、平等ですか？